Conexão ao Cluster
Conexão Remota Segura ao Cluster
O acesso remoto somente poderá ser feito por meio de equipamentos internos ao campus da UFV, de Florestal ou de Rio Paranaíba com a utilização do protocolo ssh (Secure Shell). Pode-se usar o programa PuTTY, tanto em ambiente Linux como em ambiente Windows. Como em Linux é mais comum o uso do comando de linha ssh, o programa PuTTY somente será apresentado para Windows.
Em ambiente Linux:
Uso em Linha de comando:
se o computador já tiver ssh instalado, tecle a linha seguinte e Enter:
ssh -X usuario@jupiter.dti.ufv.br
{Após o Enter será solicitada a senha de acesso}
Senão, o ssh deverá ser instalado para o acesso ao Cluster conforme exemplos a seguir:
Debian e seus derivados(Ubuntu etc):
sudo apt-get install openssh-client
OpenSUSE:
su – (para entrar como usuário root)
zypper in openssh
Transferência de Arquivos:
use o scp (comando de linha) ou o protocolo fish (janela gráfica):
scp <arquivos_de_origem> <destino>
Exemplo:
Transferindo do computador que está sendo utilizado no momento para o Cluster:
scp Documentos/dados.txt marta@jupiter.dti.ufv.br:/home/ney/Area-de-dados/
Transferindo do Cluster para o computador que está sendo utilizado no momento – inverso do caso anterior:
scp marta@jupiter.dti.ufv.br:/home/ney/Area-de-dados/dados.txt Documentos/
Explicações adicionais:
scp <usuario>@<computador>:<arquivo> <destino>
em que:
<usuario> nome de usuário no Cluster
<computador> jupiter.dti.ufv.br
<arquivo> identificação do arquivo a ser copiado especificando, se necessário, o path completo do arquivo (o path default é o diretório home do usuário)
<destino> identificação do local onde o arquivo será gravado especificando o path, se necessário (o path default é o diretório corrente)
Uso em janela gráfica:
O navegador konqueror permite a utilização do protocolo fish. É o navegador padrão em sistemas Linux que utilizam interface gráfica KDE. Entretanto, pode ser instalado na maioria dos sistemas Linux.
fish://<usuário>@<host>
exemplo:
fish://luisa@jupiter.dti.ufv.br provocará a abertura de uma pequena janela solicitando senha de usuário no Cluster. Outra janela será aberta mostrando todos os arquivos do diretório home de ‘luisa’ permitindo o arraste numa ou noutra direção (para ou do Cluster em relação ao computador do usuário)
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Em sistemas Linux com interface gráfica Gnome, o navegador padrão de arquivos Nautilus permite conexão via protocolo ssh com abertura de janela mostrando os arquivos e admitindo o arraste numa ou noutra direção. Para se conectar clique em:
Arquivo → Conectar ao servidor
Em seguida, será aberta uma pequena janela solicitando as informações da conexão.
No título Tipo de serviço troque FTP por SSH; no título Porta, tecle 22. Forneça Nome do usuário e clique em conectar.
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Em ambiente Windows:
Se os programas PuTTY e WinSCP já estão instalados em seu computador Windows, Clique no ícone de PuTTY. Uma janela como a seguinte será aberta. Forneça jupiter.dti.ufv.br em Hostname, 22 em Port, assinale SSH e Enter ou clique em Open. Será aberta uma janela do tipo terminal Linux para linha de comando com solicitação de login as: e Password: para a senha de usuário no Cluster.
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Transferência de arquivos:
Após isso, clique no ícone WinSCP. Uma janela como a seguinte será apresentada. Forneça, novamente jupiter.dti.ufv.br em Hostname, 22 em Port number. Em User name coloque o nome de usuário do Cluster, em Password a senha do usuário e Enter ou clique em Login.
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Uma janela como a seguir será apresentada permitindo o arraste de arquivos entre o Cluster e o computador em uso e vice-versa
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Uso do Ambiente Cluster
O ambiente Cluster deve ser utilizado, preferencialmente, no modo lote (batch) e, preferencialmente, para processamento paralelo por conexão remota (ssh).
Não é permitido acesso interativo aos nós 1 a 15, estando reservados para o processamento batch ou em lote. Para o processamento interativo pode-se usar o nó Venus e o nó gráfico (GPU – Tesla C2050).
O sistema gerenciador de filas, responsável pela execução de jobs, é o PBSPro (Altair Portable Batch System Professional versão 11). A documentação deste software em formato pdf está disponível na página da DCT e inclui:
Alguns dos principais comandos do PBSPro são:
- qsub – para submissão de jobs
- qalter – para modificar jobs pendentes
- qmove – para mover jobs
- qdel – para remoção de jobs das filas
- qhold – para alterar o estado de jobs para hold
- qorder – para reordenar jobs
- qrls – para liberar jobs em estado hold
- qselect- para selecionar jobs
- qstat – exibe o estado de filas e jobs
- tracejob – para obter o histórico de jobs
- xpbs – interface gráfica do PBSPro (As informações sobre estes comandos também estão disponíveis em suas manpages)
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Parasubmeterumjob:
- criarumscript,utilizandoqualquershell,incluindooscomandos
quecriamum“roteiro”aserexecutado - executarocomandoqsubnome-do-script
Exemplodescriptparaaexecuçãodeumjobemparalelo:
#!/bin/bash-x
#—————————-NomedoServiço——————————
#ConfiguraçãodoPBS
#PBS-Nnomedojob
#PBS–lselect=n:ncpus=m
#PBS-mae
#mensagemseráenviada:a–abort;b–begin;e – end
#PBS-Mlista de e-mails separados por vírgula que receberão comunicação
cd$PBS_O_WORKDIR
source /usr/share/modules/init/bash
#Carregaomódulo
moduleloadmpich2
#Determinaoshostsqueestãodisponíveis
HOSTLIST=`cat$PBS_NODEFILE |paste-s-d“,”`
cat$PBS_NODEFILE
#Rodaaaplicaçãocomprocessosemparalelo
mpirun-machinefile$PBS_NODEFILE-npn$HOME/bin/mbarquivo.nex>saida.txt
#Fimdoscript
]
Solicita-se aos autores de trabalhos desenvolvidos com o uso do cluster UFV que em suas publicações na parte relativa aos “Agradecimentos” colocar:
Pesquisa desenvolvida com o auxílio do cluster da UFV (Universidade Federal de Viçosa).
Críticas e sugestões para o aprimoramento desse texto são muito bem vindas.
Envie para: dct@ufv.br
